ROI Specification [DRAFT]

Contents:

• Introduction
  • Purpose
  • Scope
  • Reference implementation
  • Concepts
• Requirements
  • Barcelona meeting
• ROI Discussion
  • ROIs in three dimensions
  • Bitmasks
  • Meshes
  • Paths
• Current implementations
  • AxioVision
  • Cell Profiler
  • ImageJ
  • Icy
  • Insight
  • Volocity
• 2D primitives in 3D
  • Conversion to 3D primitives
  • Use of 2D primitives in 3D space
• Data types
  • scijava.roi.Iterable
  • scijava.roi.RegionOfInterest
  • scijava.roi.RegionOfInterestSet
  • scijava.roi.Serialisable
  • scijava.roi.annotation.Grid
  • scijava.roi.annotation.Scale
  • scijava.roi.annotation.Text
  • scijava.roi.dimconstraint.Extrude
  • scijava.roi.dimconstraint.Range
  • scijava.roi.dimconstraint.Set
  • scijava.roi.dimconstraint.Value
  • scijava.roi.dimconstraint.Values
  • scijava.roi.measurement.Area
  • scijava.roi.measurement.Length
  • scijava.roi.measurement.Volume
  • scijava.roi.shape.AbstractTransform
  • scijava.roi.shape.AffineTransform
  • scijava.roi.shape.Arc
  • scijava.roi.shape.BitMask
  • scijava.roi.shape.Bitwise
  • scijava.roi.shape.Cuboid
  • scijava.roi.shape.Custom
  • scijava.roi.shape.Cylinder
  • scijava.roi.shape.Ellipsoid
  • scijava.roi.shape.GreyMask
  • scijava.roi.shape.Line
  • scijava.roi.shape.Lines
  • scijava.roi.shape.Mesh
  • scijava.roi.shape.PhysicalShape
  • scijava.roi.shape.Point
  • scijava.roi.shape.Points
  • scijava.roi.shape.Polygon
  • scijava.roi.shape.PolygonSpline
  • scijava.roi.shape.Polyline
  • scijava.roi.shape.PolylineSpline
  • scijava.roi.shape.Set
  • scijava.roi.types.AbstractTransform1D
  • scijava.roi.types.AbstractTransform2D
  • scijava.roi.types.AbstractTransform3D
  • scijava.roi.types.AffineTransform1D
  • scijava.roi.types.AffineTransform2D
  • scijava.roi.types.AffineTransform3D
  • scijava.roi.types.AffineTransformnD
  • scijava.roi.types.AlignedBitMask1D
  • scijava.roi.types.AlignedBitMask2D
  • scijava.roi.types.AlignedBitMask3D
  • scijava.roi.types.AlignedCube1
  • scijava.roi.types.AlignedCube2
  • scijava.roi.types.AlignedCuboid1
  • scijava.roi.types.AlignedCuboid2
  • scijava.roi.types.AlignedGreyMask1D
  • scijava.roi.types.AlignedGreyMask2D
  • scijava.roi.types.AlignedGreyMask3D
  • scijava.roi.types.AlignedHalfAxes2D
  • scijava.roi.types.AlignedHalfAxes3D
  • scijava.roi.types.AlignedRectangle1
  • scijava.roi.types.AlignedRectangle2
  • scijava.roi.types.AlignedSquare1
  • scijava.roi.types.AlignedSquare2
  • scijava.roi.types.Arc12D
  • scijava.roi.types.Arc13D
  • scijava.roi.types.Arc22D
  • scijava.roi.types.Arc23D
  • scijava.roi.types.Arc32D
  • scijava.roi.types.Arc33D
  • scijava.roi.types.Array
  • scijava.roi.types.BLogic
  • scijava.roi.types.BitMask2D
  • scijava.roi.types.BitMask3D
  • scijava.roi.types.Bitwise1D
  • scijava.roi.types.Bitwise2D
  • scijava.roi.types.Bitwise3D
  • scijava.roi.types.Circle0
  • scijava.roi.types.Circle1
  • scijava.roi.types.Circle2
  • scijava.roi.types.Circle3
  • scijava.roi.types.Circle4
  • scijava.roi.types.Circle5
  • scijava.roi.types.CircularCylinder1
  • scijava.roi.types.CircularCylinder2
  • scijava.roi.types.CircularCylinder3
  • scijava.roi.types.CircularCylinder4
  • scijava.roi.types.Color
  • scijava.roi.types.Count
  • scijava.roi.types.Cube1
  • scijava.roi.types.Cube2
  • scijava.roi.types.Cuboid1
  • scijava.roi.types.Cuboid2
  • scijava.roi.types.Custom
  • scijava.roi.types.DimConstraint
  • scijava.roi.types.DimConstraintSet
  • scijava.roi.types.DirectedGraph
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder1
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder2
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder3
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder4
  • scijava.roi.types.Extrude
  • scijava.roi.types.Float32
  • scijava.roi.types.Float64
  • scijava.roi.types.GreyMask2D
  • scijava.roi.types.GreyMask3D
  • scijava.roi.types.HalfAxes2D
  • scijava.roi.types.HalfAxes3D
  • scijava.roi.types.Index
  • scijava.roi.types.Int16
  • scijava.roi.types.Int32
  • scijava.roi.types.Int64
  • scijava.roi.types.Int8
  • scijava.roi.types.Labelling
  • scijava.roi.types.LinePoints1D
  • scijava.roi.types.LinePoints2D
  • scijava.roi.types.LinePoints3D
  • scijava.roi.types.LineVector1D
  • scijava.roi.types.LineVector2D
  • scijava.roi.types.LineVector3D
  • scijava.roi.types.LinesPoints1D
  • scijava.roi.types.LinesPoints2D
  • scijava.roi.types.LinesPoints3D
  • scijava.roi.types.LinesVectors1D
  • scijava.roi.types.LinesVectors2D
  • scijava.roi.types.LinesVectors3D
  • scijava.roi.types.Map
  • scijava.roi.types.Mesh2D
  • scijava.roi.types.Mesh3D
  • scijava.roi.types.Null
  • scijava.roi.types.Operator
  • scijava.roi.types.Pair
  • scijava.roi.types.Points1D
  • scijava.roi.types.Points2D
  • scijava.roi.types.Points3D
  • scijava.roi.types.PointsnD
  • scijava.roi.types.PolylinePoints1D
  • scijava.roi.types.PolylinePoints2D
  • scijava.roi.types.PolylinePoints3D
  • scijava.roi.types.PolylineVector1D
  • scijava.roi.types.PolylineVector2D
  • scijava.roi.types.PolylineVector3D
  • scijava.roi.types.Properties
  • scijava.roi.types.Property
  • scijava.roi.types.ROI
  • scijava.roi.types.ROISet
  • scijava.roi.types.Range1nD
  • scijava.roi.types.Range2nD
  • scijava.roi.types.Rectangle1
  • scijava.roi.types.Rectangle2
  • scijava.roi.types.RotateTransform2D
  • scijava.roi.types.RotateTransform3D
  • scijava.roi.types.ScaleTransform1D
  • scijava.roi.types.ScaleTransform2D
  • scijava.roi.types.ScaleTransform3D
  • scijava.roi.types.Set
  • scijava.roi.types.ShapeSet
  • scijava.roi.types.Sphere0
  • scijava.roi.types.Sphere1
  • scijava.roi.types.Sphere2
  • scijava.roi.types.Sphere3
  • scijava.roi.types.Sphere4
  • scijava.roi.types.Sphere5
  • scijava.roi.types.Sphere6
  • scijava.roi.types.Square1
  • scijava.roi.types.Square2
  • scijava.roi.types.String
  • scijava.roi.types.Text
  • scijava.roi.types.TranslateTransform1D
  • scijava.roi.types.TranslateTransform2D
  • scijava.roi.types.TranslateTransform3D
  • scijava.roi.types.TypeID
  • scijava.roi.types.UInt16
  • scijava.roi.types.UInt32
  • scijava.roi.types.UInt64
  • scijava.roi.types.UInt8
  • scijava.roi.types.Value
  • scijava.roi.types.ValuenD
  • scijava.roi.types.ValuesnD
  • scijava.roi.types.Vector1D
  • scijava.roi.types.Vector2D
  • scijava.roi.types.Vector3D
  • scijava.roi.types.VectornD
  • scijava.roi.types.Vectors1D
  • scijava.roi.types.Vectors2D
  • scijava.roi.types.Vectors3D
  • scijava.roi.types.VectorsnD
  • scijava.roi.types.Vertex1D
  • scijava.roi.types.Vertex2D
  • scijava.roi.types.Vertex3D
  • scijava.roi.types.VertexList1D
  • scijava.roi.types.VertexList2D
  • scijava.roi.types.VertexList3D
  • scijava.roi.types.VertexListnD
  • scijava.roi.types.VertexnD
• Fundamental data types
• Interface types
  • scijava.roi.Iterable
  • scijava.roi.RegionOfInterest
  • scijava.roi.RegionOfInterestSet
  • scijava.roi.Serialisable
  • scijava.roi.measurement.Area
  • scijava.roi.measurement.Length
  • scijava.roi.measurement.Volume
  • scijava.roi.shape.PhysicalShape
  • scijava.roi.types.DimConstraint
• Enumerated types
  • scijava.roi.types.BLogic
  • scijava.roi.types.Operator
• Compound types
  • scijava.roi.types.AbstractTransform1D
  • scijava.roi.types.AbstractTransform2D
  • scijava.roi.types.AbstractTransform3D
  • scijava.roi.types.AffineTransform1D
  • scijava.roi.types.AffineTransform2D
  • scijava.roi.types.AffineTransform3D
  • scijava.roi.types.AlignedBitMask1D
  • scijava.roi.types.AlignedBitMask2D
  • scijava.roi.types.AlignedBitMask3D
  • scijava.roi.types.AlignedCube1
  • scijava.roi.types.AlignedCube2
  • scijava.roi.types.AlignedCuboid1
  • scijava.roi.types.AlignedCuboid2
  • scijava.roi.types.AlignedGreyMask1D
  • scijava.roi.types.AlignedGreyMask2D
  • scijava.roi.types.AlignedGreyMask3D
  • scijava.roi.types.AlignedHalfAxes2D
  • scijava.roi.types.AlignedHalfAxes3D
  • scijava.roi.types.AlignedRectangle1
  • scijava.roi.types.AlignedRectangle2
  • scijava.roi.types.AlignedSquare1
  • scijava.roi.types.AlignedSquare2
  • scijava.roi.types.Arc12D
  • scijava.roi.types.Arc13D
  • scijava.roi.types.Arc22D
  • scijava.roi.types.Arc23D
  • scijava.roi.types.Arc32D
  • scijava.roi.types.Arc33D
  • scijava.roi.types.Array<TYPE>
  • scijava.roi.types.BitMask2D
  • scijava.roi.types.BitMask3D
  • scijava.roi.types.Bitwise1D
  • scijava.roi.types.Bitwise2D
  • scijava.roi.types.Bitwise3D
  • scijava.roi.types.Circle0
  • scijava.roi.types.Circle1
  • scijava.roi.types.Circle2
  • scijava.roi.types.Circle3
  • scijava.roi.types.Circle4
  • scijava.roi.types.Circle5
  • scijava.roi.types.CircularCylinder1
  • scijava.roi.types.CircularCylinder2
  • scijava.roi.types.CircularCylinder3
  • scijava.roi.types.CircularCylinder4
  • scijava.roi.types.Color
  • scijava.roi.types.Cube1
  • scijava.roi.types.Cube2
  • scijava.roi.types.Cuboid1
  • scijava.roi.types.Cuboid2
  • scijava.roi.types.Custom
  • scijava.roi.types.DimConstraintSet
  • scijava.roi.types.DirectedGraph<NTYPE, ETYPE>
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder1
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder2
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder3
  • scijava.roi.types.EllipticCylinder4
  • scijava.roi.types.Extrude
  • scijava.roi.types.GreyMask2D
  • scijava.roi.types.GreyMask3D
  • scijava.roi.types.HalfAxes2D
  • scijava.roi.types.HalfAxes3D
  • scijava.roi.types.LinePoints1D
  • scijava.roi.types.LinePoints2D
  • scijava.roi.types.LinePoints3D
  • scijava.roi.types.LineVector1D
  • scijava.roi.types.LineVector2D
  • scijava.roi.types.LineVector3D
  • scijava.roi.types.LinesPoints1D
  • scijava.roi.types.LinesPoints2D
  • scijava.roi.types.LinesPoints3D
  • scijava.roi.types.LinesVectors1D
  • scijava.roi.types.LinesVectors2D
  • scijava.roi.types.LinesVectors3D
  • scijava.roi.types.Map<KTYPE, VTYPE>
  • scijava.roi.types.Mesh2D
  • scijava.roi.types.Mesh3D
  • scijava.roi.types.Pair<LTYPE, RTYPE>
  • scijava.roi.types.Points1D
  • scijava.roi.types.Points2D
  • scijava.roi.types.Points3D
  • scijava.roi.types.PolylinePoints1D
  • scijava.roi.types.PolylinePoints2D
  • scijava.roi.types.PolylinePoints3D
  • scijava.roi.types.PolylineVector1D
  • scijava.roi.types.PolylineVector2D
  • scijava.roi.types.PolylineVector3D
  • scijava.roi.types.Properties
  • scijava.roi.types.Property
  • scijava.roi.types.Range1nD
  • scijava.roi.types.Range2nD
  • scijava.roi.types.Rectangle1
  • scijava.roi.types.Rectangle2
  • scijava.roi.types.RotateTransform2D
  • scijava.roi.types.RotateTransform3D
  • scijava.roi.types.ScaleTransform1D
  • scijava.roi.types.ScaleTransform2D
  • scijava.roi.types.ScaleTransform3D
  • scijava.roi.types.Set<TYPE>
  • scijava.roi.types.ShapeSet
  • scijava.roi.types.Sphere0
  • scijava.roi.types.Sphere1
  • scijava.roi.types.Sphere2
  • scijava.roi.types.Sphere3
  • scijava.roi.types.Sphere4
  • scijava.roi.types.Sphere5
  • scijava.roi.types.Sphere6
  • scijava.roi.types.Square1
  • scijava.roi.types.Square2
  • scijava.roi.types.String
  • scijava.roi.types.Text
  • scijava.roi.types.TranslateTransform1D
  • scijava.roi.types.TranslateTransform2D
  • scijava.roi.types.TranslateTransform3D
  • scijava.roi.types.ValuesnD
  • scijava.roi.types.Vector1D
  • scijava.roi.types.Vector2D
  • scijava.roi.types.Vector3D
  • scijava.roi.types.Vectors1D
  • scijava.roi.types.Vectors2D
  • scijava.roi.types.Vectors3D
• Geometric shape primitives
  • Overview
  • Alternative shape representations
  • Shape serialisation
  • Shape
  • Text placement and alignment
  • Scale bars
  • Additional primitives
• Regions in arbitrary dimensions
• Compound ROIs
  • Set primitives
  • Storing and manipulating complex compound objects
• Compound types
  • Zeiss AxioVision ROI types
• Affine transforms
  • 2D transforms
  • 3D transforms
• Masks
  • Specification
  • Point and line conversion
  • Set operations
• Transforms
• State machine
  • Properties
• Layers
• ROI-ROI links
• Storage of vertex data
  • XML schema
  • Properties
• Definition of terms

Java code:

• Java code

Indices and tables

• Index
• Search Page